Según la Real Academia Española de la Lengua, los seudónimos, sobrenombres, alias o apodos, no necesitan ser escritos con una marca tipográfica especial. Salvo en un caso: cuando los apodos y alias aparecen entre el nombre de pila y el apellido, en cuyo caso la norma indica que deben utilizarse cursivas (por ejemplo, Ernesto Che Guevara) o colocar el apodo entre comillas (por ejemplo, Ernesto «Che» Guevara).
La norma es clara, pero no obliga de ningún modo a mencionar los apodos o los seudónimos entre el nombre y el apellido.
Siguiendo el ejemplo anterior, tranquilamente puede citarse en un escrito al personaje como Ernesto Guevara, el Che; es decir, con el apodo detrás del nombre y el apellido. En este caso, el artículo siempre debe escribirse con su inicial minúscula.
Lo de Ernesto «Che» Guevara es un cubanismo que ha importado la Argentina de forma quizá irreflexiva.
Si aplicamos las normas de la Academia como han sido formuladas (se pueden consultar en «Ortografía de la lengua española» (2010). Edición en línea www.rae.es), lo que no es de ningún modo correcto es entrecomillar el apodo cuando se prescinde del nombre de pila. Por ejemplo, «Bocha» Rodríguez.
Volviendo a la regla expresada en el primer párrafo, cuando falta el nombre de pila no es necesario poner las comillas. Y ni decir tiene que tampoco se las debe escribir cuando faltan tanto el nombre como el apellido, como en el caso de «Messi combinó por la izquierda con el "Kun"».
Lo correcto es referirse al Kun, sin ninguna marca (al hombre, en zona o tipográfica).